膨胀到了80亿的人口一下子缩减了50亿，短时间内又减少到了30亿。经济和军事的平衡被破坏。北美、俄罗斯、北欧被冰雪而封闭，平原沉入了大海，世界版图发生了激变，人类开始进入了混沌的时代……为了监视“维纳斯”以及镇压“LOGOS”内部叛乱分子而结成了特殊部队《Phantom》（幻影）。主人公葛城丈和搭档鹤泽带着神秘少女登户沙那一起从中逃了出来。伴随的沙那的旅程，各式各样的人们的复杂思想交错于整个故事之中……他们3人的手中究竟掌握着什么呢？